Мы используем файлы cookie для обеспечения наилучшего взаимодействия с сайтом.
Цели и задачи
Цель проекта:Создание новых алгоритмов и программ для геномики и протеомики – чрезвычайно актуальных областей современной биологии, изучающих структуры и функции геномов и белков
Другие результаты
- Программный продукт SPAdes, созданный в ЦАД, является одной из самых популярных программ для сборки бактериальных геномов в мире, несмотря на высокую конкуренцию, в том числе с научными коллективами Массачусетского технологического института и Гарвардского университета. Научная публикация в журнале Journal of Computational Biology, описывающая SPAdes, на сегодняшний день процитирована почти 2000 раз за 5 лет со дня публикации.
- Сравнительный анализ ведущих метагеномных сборщиков ДНК, проведенный немецкими учеными, показал, что созданный ЦАД metaSPAdes является номером 1: «metaSPAdes showed the overall best assembly size statistics while also capturing a relatively large fraction of the expected diversity» (Vollmers et al., PlOS One, 2017).
Научные результаты
- Создан программный продукт SPAdes, признанный лучшим в мире в области сборки геномов из коротких фрагментов, производимых современными сиквенсными технологиями.
- Создан новый универсальный de novo метагеномный ассемблер metaSPAdes.
- Создан программный продукт QUAST для оценки качества производимых в лаборатории сборок.
- Получены заметные результаты в области транскриптомики и протеомики.
Внедрение результатов исследования:
Центр алгоритмической биотехнологии обеспечивает биоинформатической поддержкой крупнейший в настоящее время проект по исследованию микробиома человека, посвященный анализу микробиома Ларри Смарра. который в последние 12 лет превратился в «живую лабораторию» из-за развившейся у него болезни Крона. Исследователям ЦАБ Дмитрию Мелешко и Сергею Нурку был выделен миллион часов на суперкомпьютере в Сан-Диего для анализа этого микробиома, а Алла Михеенко и Алексей Гуревич анализируют его метаболом.
Образование и переподготовка кадров
- Модернизирована образовательная деятельность СПбГУ в результате создания и внедрения в учебные планы online курсов, дисциплин и основной образовательной программы в области Биоинформатики.
- Создан и запущен в 2014 году онлайн-курс «Введение в биоинформатику», который является первым русскоязычным курсом по биоинформатике на платформе Coursera. Со дня своего запуска курс прослушало более 25 000 человек из России, Белоруссии, Казахстана, США, Германии, Израиля и других стран.
- Создан и запущен в 2016 году второй онлайн-курс «Введение в биоинформатику: метагеномика» на платформах Coursera, Stepik, Открытое образование. Курс стал призером международного конкурса открытых онлайн-курсов EdCrunch Award OOC 2018.
- Разработана образовательная программа магистратуры по направлению «Биоинформатика» в СПбГУ (руководитель А. Л. Лапидус). Прием на магистерскую программу «Биоинформатика», впервые успешно прошел в 2018 году.
Сотрудничество
Объединенный институт генома (США), Университет Сан-Диего (США), Институт Скриппса (США), Институт Крейга Вентера (США), «АстраЗенека» (США), Международная группа компаний Роше EMC (Россия), Illumina (США, Великобритания), Juno Therapeutics (США), Genentech (США), Nabsys (США), EMBL-EBI (Великобритания), Institute for Agricultural and Forest Systems in the Mediterranean (Италия): совместные научные исследования.Сайт: http://cab.spbu.ru/
Контактное лицо: Певзнер Павел Аркадьевич
Адрес: Большой просп. Васильевского острова, 21
Телефон: +7 (812) 363-60-42
Контактное лицо: Певзнер Павел Аркадьевич
Адрес: Большой просп. Васильевского острова, 21
Телефон: +7 (812) 363-60-42
Похожие объекты инновационно-технологической инфраструктуры
